Traditionnellement la moussaka se fait avec de la viande d'agneau, des tomates et des épices que l'on va disposer entre deux couches de légumes (des pommes de terre en Europe de l'Est, des aubergines quand on se rapproche de la Grèce) déjà cuits, ou taillés très fins pour qu'ils cuisent au four. La moussaka est souvent recouverte de béchamel, et parfois de fromage.